یکی از مهمترین تهدیدهای امنیت ملی در کشور، رویکرد خاصی از فرقهگرایی مذهبی مبتنی بر برجستگی هویت مذهبی و سیاسی شدن اقلیت مذهبی در جامعه است که عنوان «اقلیتگرایی مذهبی» معرّف آن است. این جریان با کارویژه و عقبة ایدئولوژیکی خاص خود به واسطة به چالش کشیدن هویت ملی، قطبی شدن جامعه را در پی دارد و در نهایت، انسجام ملی را مخدوش میکند. پژوهش حاضر برای رصد و تقریر تحلیلی و نظاممند این مسئله، نخست امنیت ملی جمهوری اسلامی ایران را در چارچوب الگوی جامع امنیت نرمافزاری و سختافزاری مورد کاوش و مطالعۀ تحلیلی قرار داده؛ پس از آن با رویکردی توصیفیـ تحلیلی به بیان آثار و پیامدهای ناشی از فعالیت بخش افراطگرای مکتب دیوبند به عنوان یکی از جریانهای سلفی فعال در کشور بر امنیت ملی جمهوری اسلامی ایران پرداخته است.